Im Mittelalter war es wahrscheinlich so, dass sich die natürlichen Hinterlassenschaften von Tier und Mensch (Stichwort: Nachttöpfe) auf den Straßen befunden haben.

Das war tatsächlich so. Reichere Leute hatten Bedienstete, die in der Stadt einige Schritte voran liefen und riefen: "Haltet ein!", damit man ihnen nicht den Inhalt ihrer Nachttöpfe aufs Haupt schüttete.
Außerdem gab es ja keine Kanalisation und Schweine auf der Straße waren absolut normal. Der Gestank einer Stadt im Mittelalter muß infernalisch gewesen sein und der Dreck ebenfalls.

man Bedenke: in London zb. (und in anderen Städten) gab es tausende von Pferdefuhrwerken. Die dabei anfallenden Exkremente wurden in die Ritzen des Kopfsteinpflasters gedrückt. Und wie Du gesagt hast gab es lange Zeit keine Kanalisation. Obschon erste Abwasserkanäle bereits auf die Zeit von 3000 v. Chr. nachgewiesen werden konnten, ging dieses Wissen verloren oder wurde stark vernachlässigt. Erst Mitte des 19. Jahrhunderts wurde in London mit dem Bau einer Kanalisation begonnen.

Und viele Menschen - vor allem Kinder liefen auf diesen mit Bakterien verseuchten Böden barfuss. So ist es nicht verwunderlich, dass es viele Seuchen gab.