Hallo Marco!

Zu den Argumenten:
1. Zwar kommen nackte Füße häufiger in Kontakt mit Fußpilzsporen, doch finden diese auf freien Füßen nicht das Milieu, auf dem sie gedeihen können. Fußpilz braucht es warm, dunkel, feucht und verträgt nur eine geringe Menge Sauerstoff. Dieses Milieu bieten wir den Pilzen nicht. Sie sind das Privileg der Schuhträger. Ein gewisses Fußpilzrisiko geht von Leuten aus, die normalerweise Schuhe tragen und ausnahmsweise mal barfuß sind.
2. Zum Denken braucht man Sauerstoff. Deshalb muss das Gehirn intensiv durchblutet werden. Wenn man sitzt, geht aber ziemlich viel Blut in die Beine, besonders wenn die warm sind. Aus kühlen Füßen wird Blut abgezogen, das dann fürs Gehirn zur Verfügung steht.
3. Das Argument mit dem Dreck in den Schuhrillen hat Lorenz schon dargelegt.

Zu den Maßnahmen:
1. Die beste Idee kam von Bix. Animiere Deine Studienkollegen, dass möglichst viele mit Dir solidarisch sind und wenigstens einen Tag barfuß an die FH kommen. Gegen die Masse ist der Hausmeister absolut machtlos.
2. Bevor Du zum Rektor gehst, versuch's erst eine Etage niedriger. Frage z.B. Professoren, die Du gut kennst nach ihrer Meinung und frage sie auch, was sie meinen, dass der Rektor wohl denkt.

Ich bin als Student auch barfuß an die Uni gegangen und war nicht der einzige. Von Hausmeistern kamen nie Bemerkungen.

Viel Erfolg!