Allerdings kommt der Materialismus bereits dort an seine Grenzen, wo das Reich des Geistes (der Gedanken) beginnt. Somit ist bereits das Bewußtsein als solches materialistisch nicht zu erklären.

Noch nicht. Falls jeder einzelne Gedanke als spezifische Anregung von Nervenzellen identifizierbar wird, wird das Bewusstsein materialistisch erklärbar. Genauso wird eine Reinkarnationslehre in dem Moment materialistisch erklärbar, indem die Seele als Stoff messbar wird.

Auch Mathematik und Logik als "ideale" Wissenschaften mit einem sehr hohen Grad an Abstraktion haben im Materialismus keine Grundlage.

Materialismus schließt Abstraktion aber nicht aus.

Eine materialistisch verstandene Welt wäre eine trostlose Welt

Die Wissenschaft soll die Welt erklären und nicht den Menschen trösten. Wenn der Mensch sich nur dann gut fühlen kann, wenn er bewusst Unwahrheiten in Kauf nimmt, dann ist das sehr bedenklich.

da der Materialismus jegliche Transzendenz leugnet,

Der Materialismus leugnet das "Übernatürliche"; er leugnet hingegen nicht das "Übermenschliche" --- es ist auch im materialistischen Weltbild denkbar, dass es Dinge gibt, die aufgrund ihrer Komplexität vom begrenzen menschlichen Verstand nicht zu erfassen, gleichwohl doch real sind.

Aber vielleicht haben die Erfinder der materialistischen Philosophie das ja sogar gewollt?

Die materialistische Philosophie ist wohl als notwendige Gegenbewegung zur mittelalterlichen Glaubenslehre zu verstehen, die den Menschen in seinen irdischen Möglichkeiten gelähmt hat. In Anbetracht des nach wie vor grassierenden Glaubens an Astrologie, Esoterik usw. scheint diese Notwendigkeit auch nach wie vor zu bestehen.