Ist das überhaupt legal?

Wenn es tatsächlich in der Schulordnung steht (was man dir erstmal beweisen muss), dann zunächst mal ja. Sollte er dir das schriftlich nicht nachweisen können, handelt er willkürlich und damit rechtswidrig; ein solches Verhalten kann man z.B. dem Ministerialbeauftragten (weiß nicht, ob das in anderen Bundesländern auch so heißt) mitteilen. Allerdings macht man sich damit natürlich einige Feinde...

da müßten einheitliche Regeln gelten

Zumindest in Bayern ist es glaube ich so, dass es eine allgemeine Schulordnung gibt (z.B. Gymnasialschulordnung), die für alle Schulen verbindlich ist. In der wird aller Wahrscheinlichkeit nach nichts über Barfußlaufen stehen.
Diese allgemeine Schulordnung kann jede Schule um ihre eigenen Punkte ergänzen. Da kann dann auch was gegen Barfußlaufen stehen. In diesem Fall ist es am besten, den Elternbeirat mit guten, wohl überlegten Argumenten darauf aufmerksam zu machen; der ist meistens am Aufstellen der Schulordnung beteiligt.

Du kannst natürlich auch versuchen, den Direktor sachlich und ruhig zu überzeugen mit Argumenten wie z.B. "wer barfuß läuft, wirft keinen Dreck auf den Boden". Bei den meisten ist das allerdings sinnlos, da es ihnen gar nicht um die Sache an sich geht, sondern einfach darum, ihr klitzekleines bißchen Authorität auszukosten.

Das beste wird wohl sein, die Sache einfach sein zu lassen und sich zu fügen; das ist vielleicht ein bisschen feige, allerdings ist man an der Schule einfach zu sehr von Leuten abhängig, die einem dauerhaft das Leben versauen können, das ist die Sache einfach nicht wert. Vor allem ist es ja auch nur wenige Tage im Jahr wirklich heiß.

Bei uns am Gymnasium war die Sache eigentlich nie ein Thema, da niemand barfuß lief, auch nicht in der Oberstufe. Aber ich nehme mal an, das wäre unseren Lehrern/Direx wurscht gewesen, wie so viele andere Sachen auch.